一般情况下，企业组织形式分为三类，即公司企业、合伙企业和独资企业。从法律角度讲，公司企业属法人企业，出资者以出资额为限承担有限责任。除此之外，还可以从其它角度进行，比如，可分为内资企业和外资企业；外资企业中的中外合资企业和中外合作企业等。
企业组织形式分类的第二个层次是在公司企业内部进行划分的。这个层次分为两对公司关系，即总分公司及母子公司。不同的企业组织形式有不同的税收水平，因此，投资者在组建企业时必须考虑不同企业组织形式给企业带来的影响。
一、股份有限公司和合伙企业的比较选择
我国对公司企业和合伙企业实行不同的纳税规定。国家对公司营业利润在企业环节上课征公司税，税后利润作为股息分配给投资者，个人投资者还需要缴纳一次个人所得税。而合伙企业则不然，营业利润不交公司税，只课征合伙人分得收益的个人所得税。
例1：某甲经营一家公司，年盈利20万元，请问以何种方式组建公司可得最大税收利益？
方案1：成立有限责任公司
企业所得税=20×33%=6.6（万元）
个人所得税=（20-6.6）×20%=2.68（万元）税后收益=20-6.6-2.68=10.72（万元）方案2：成立个人独资企业个人所得税=20×35%-0.675=6.325（万元）税后收益=20-6.325=13.675（万元）应选择方案2，纳税人甲的这一举动是法律规定所许可的，在纳税行为之前进行筹划，并达到了一定的节税效果。
另外，任何事物都具有两面性，在选择其积极方面的同时，也应该考虑其消极的一面，不能以偏概全。比如，在不考虑其主要因素的情况下，单就合伙企业和股份有限公司而言，合伙企业要优于股份有限公司，因为合伙企业只征一次个人所得税，而股份有限公司还要再征一次企业所得税；如果综合考虑企业的税基、税率、优惠政策等多种因素的存在，股份有限公司也有有利的一面，因为，国家的税收优惠政策一般都是只为股份有限公司所适用，例如，国税发（1997）198号文规定，股份制企业，股东个人所获资本公积转增股东所得，不征个人所得税，这一点合伙制企业就不能享受；其次，在测算两种性质企业的税后整体利益时，不能只看名义税率，还要看整体税率，由于股份有限公司的“整体化”措施一般情况下要优于合伙制企业，“整体化”就意味着重叠课征的消除，税收便会消除一部分；第三，如合伙人中既有本国居民，又有外国居民，就出现了合伙企业的跨国税收现象，由于国藉的不同，税收将出现差异。一般情况下，规模较大企业应选择股份有限公司，规模不大的企业，采用合伙企业比较合适。因为，规模较大的企业需要资金多，筹资难度大，管理较为复杂，如采用合伙制形式运转比较困难。
二、子公司与分公司的比较选择
所谓子公司是指被母公司有效控制的下属公司或者是母公司直接或间接控制的一系列公司中的一家公司；所谓分公司是一指作为公司的分支构而存在，在国家税收中，它往往与常设机构是同义词。
当一个企业要进行跨地区经营时，常见的做法就是在其它地区设立下属机构，即开办子公司或分公司，从法律上讲，子公司属于独立法人，而分公司则不属于独立法人，它们之间的不同在于：一是设立手续不同，在外地创办独立核算子公司，需要办理许多手续，设立程序复杂，开办费用也较大，而设立分公司的程序比较简单，费用开支比较少；二是核算和纳税形式不同，子公司是独立核算并独立申报纳税，当地税务机关比较喜欢，而分公司不是独立法人，由总公司进行核算盈亏和统一纳税，如有盈亏，分公司和总公司可以相互抵扣后才交纳所得税。三是税收优惠不同，子公司承担全面纳税义务，分公司只承担有限纳税义务。子公司是独立法人可以享受免税期限、优惠政策等在内的各种优惠政策；而分公司作为非独立法人，则不能享受这些优惠政策。如我国对外商投资企业实行的“两免三减半”、“税收优惠税率”等优惠政策，则只能适用于独立法人企业。
例二：蓝天公司是一家拥有A、B两家分公司的集团公司，2002年公司本部实现利润3000万元，其分公司A实现利润500万元，分公司B损300万元，该企业所得税率为33%，则该集团公司在2002年度应纳税额=（3000+500-300）×33%=1056（万元）如果上述A、B两家公司换成子公司，总体税收就发生了变化。假设A、B两家子公司的所得税率仍为33%。公司本部应纳企业所得税=3000×33%=990（万元），A公司应纳企业所得税=500×33%=165（万元），B公司由于2002年度发生亏损，则该年度不应交纳企业所得税。
那么，蓝天公司2002年度应纳企业所得税为：990+165-1155（万元），高出总分公司整体税收：1155-1056=99（万元）。如果总公司与子公司所得税适用率不同，则上述情况又会发生变化。
例3：南京天顺总公司在海南和珠海各设一家分公司，其中，南京地区企业所得税率为33%，海南和珠海均为15%。2002年度公司本部实现利润2000万元；海南、珠海两家子公司分别实现利润200万元和300万元。总公司规定,子公司税后利润的60%汇回总公司,40%自己留用,则2002度：公司本部应纳企业所得税=2000×33%=660（万元）海南子公司应纳企业所得税=200×15%=30（万元）珠海子公司应纳企业所得税=300×15=45（万元）子公司汇回总公司利润额=（200-30）×60%+（300-45）×60%=255（万元）汇回利润应交纳所得税=255×（33%-15%）=45.9（万元）蓝天公司总体税收=660+30+45+45.9=780.9（万元）若将上述两家子公司改成分公司，则蓝天公司整体税收=（2000+200+300）×33%=825（万元）这样设立子公司比设立分公司减轻投资者税收825-780.9=44.1（万元）。可见，设立子公司和分公司各有利弊。由于法律上认为子公司和母公司不是同一法律实体，因而子公司的亏损不能并入总公司帐上；而分公司和总公司是同一法律实体，其在经营中发生的亏损可以和总公司相抵。因此，当企业扩大生产经营需要到国外或外地设立分支机构时，可以在进入地的初期，针对当地情况不熟、生产经营处于起步阶段、发生亏损的可能性较大的情况，考虑设立分公司，从而使外地发生的亏损在总公司冲减，以减轻总公司的负担。而当生产经营走向正轨，产品打开销路，可以盈利时，应考虑设立分公司，可以在盈利时保证能享受当地税收优惠的政策。
三、私营企业与个体工商户的选择
按照现行税法规定，我国私营企业适用《中华人民共和国企业所得税法》，而个体工商户则适用于《中华人民共和国个人所得税法》，从税率上看私营企业应税额在3万元以下时，税率为18%，年应税所得额在3万元至10万元时，税率27%，年应税所得额在10万元以上时，税率为33%；个体工商户应税额在3万元时，适用边际税率为20%，直接看似乎高于私营企业，但由于个体工商户适用税率为累计进税率，其实际税率只有15.8%，低于私营企业18%的水平；个体工商户应税额为10万元时，适用边际税率为35%，也高于私营企业33%的税率，但实际税率只有28.25%，由此可见，在同等盈利水平下，个体工商户比私营企业获取更多好处，但个体工商户也有许多缺点，如规模孝难于扩展业务等。而私营企业则有相对严密组织，能扩展经营，降低费用，提高盈利水平等特点，所以，投资人在投资前应该选择何种组织形式，应综合考虑多种因素，作出对自己有利的选择。
四、内、外资企业的选择
所谓内资企业是指：国有资产、集体资产、国内个人资产创办的企业。包括国有企业，集体企业、私营企业，联营企业和股份制企业。所谓外资企业是指经中国政府批准在中国境内设立的有外国资本参与的经济实体。主要包括：中外合资企业、中外合作企业和外商独资企业。
内、外资企业在税收上存在很大区别：内资企业优惠税率幅度小，为18%和27%两个档次；面外资企业的优惠幅度较大，分别为15%和24%两档。内资企业的优惠政策适用范围较窄，主要有第三产业，利用“三废”企业、劳服企业、校办工厂、福利企业等，外资企业的适用范围较宽，主要有：生产性企业、先进技术企业、产品出口企业，以及从事能源、交通、港口建设等企业等，内资企业减免优惠政策时间较短，一般为1-3年，而外资企业减免优惠时间较长，一般为5年或5年以上。另外，内、外资企业适用税种的科目数量也不同，内资企业适用10个以上，外资企业适用6个税种。可见，外资企业享受优惠政策较多，税收差别也较大，在其它条件相同时，企业应当选择开办合资企业。
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