一、会计的谨慎性原则与税法据实扣除原则
会计的谨慎性原则要求企业在面临不确定因素下做出职业判断时，应当保持必要的谨慎，充分估计到各种风险和损失。既不高估资产或收益，也不低估负债或费用。主要表现在对各项不实资产计提减值准备。企业按照会计制度计提的资产减值准备金，无一例外地减少了企业的利润，其中坏账准备、存货跌价准备计入企业的“管理费用”，固定资产、在建工程、无形资产减值准备计入“营业外支出”，短期投资跌价准备、长期投资减值准备和委托贷款减值准备计入“投资收益”。《企业会计制度》自2001年在股份制企业实施后产生了重大的影响，其中通过计提8项准备，使大多数上市公司消化了历年经营中形成的“虚资产”，同时，也为解决企业的虚盈实亏、短期行为起到了积极的作用。
会计根据谨慎性原则提取的各项资产减值准备金，税法原则上是不允许在税前扣除的。这是因为税法对所得税前扣除费用的基本原则是“据实扣除”，即：任何费用（或损失）除非确属真实发生，否则申报扣除就有可能被认定为偷税行为。企业计提的各项资产减值准备，是根据会计人员凭借职业判断做出的估计，其损失并不是“真实地发生”，会计估计的这种风险，税法之所以不允许扣除，是因国家税收不承担纳税人的经营风险。税法强调的是在有关资产真正发生永久或实质性的损害时能得到即时处理。这样规定既方便了税务管理，同时也防止了硬性规定减值准备比例的不可控性。“国家税务总局关于执行《企业会计制度》需要明确的有关所得税问题的通知”（国税发［2003］45号）文件明确规定“企业所得税前允许扣除的项目，原则上必须遵循真实发生的据实扣除原则，除国家税收规定外，企业根据财务会计等规定提取的任何形式的准备金不得在企业所得税前扣除”。
二、会计的实质重于形式原则与税法的法定性原则
“实质重于形式”原则是《企业会计制度》新增的一项会计核算原则。该原则规定：“企业应当按照交易或事项的实质进行会计核算，而不仅仅按照它们的法律形式作为会计核算的依据。”具体而言，如果交易或事项的实质与其法律形式不一致时，会计人员应当根据其经济实质而不是法律形式进行核算和反映。《企业会计制度》在诸多方面体现了该原则。
1.对不实资产计提资产减值准备。计提资产减值准备，实际上也是遵循了“实质重于形式”原则，对减值的资产，虽然从形式上属于企业的资产，但因实质已经不能给企业带来经济利益，所以要计提减值准备，冲减企业的利润。具体的提取比例，也是凭会计人员的职业判断，《企业会计制度》并没有量化标准。
2.待处理财产损失，期末必须处理完毕。待处理资产损失，虽然从形式上属于企业的“虚资产”，但就其经济实质而言，是企业已发生的损失，已不符合资产的定义。所以，在期末结账前应将其全部转入有关的费用和支出，同时，在资产负债表中取消“待处理流动资产损失”和“待处理固定资产损失”项目。
3.开办费在开始生产经营当月起，一次计入损益。作为企业“递延资产”的开办费，实质上是属于企业已经发生的费用，所以《企业会计制度》取消了“递延资产”账户，规定通过“长期待摊费用”账户核算的开办费，在开始生产经营当月起，一次计入损益。
除上述内容外，“实质重于形式”原则还体现在会计核算的许多方面，比如：对收入的确认标准、对融资租入固定资产的判断标准、对关联交易的确认、对长期股权投资核算方法的选择，对会计报表各项目的列示等等。
从会计对“实质重于形式”原则的具体运用分析，会计应用“实质重于形式”原则的关键在于会计人员的职业判断是否可靠，而税法中对任何事项的确认都必须有明确的法律依据，必须有据可依，不能估计。这样做的目的是防止纳税人滥用税法条款。例如：2002年沪市一家上市公司发生巨额亏损34亿元，创该年我国上市公司亏损之最，其中计提坏账准备金占其公司亏损额的98.7%.这些资产减值是否“真实的”发生暂且不去追究，如果按会计的“实质重于形式”原则去征缴所得税，税基将受到严重的侵蚀，财政收入将无法保证。
由于税法的法定性原则和会计制度的“实质重于形式”原则的存在，使得按会计制度计算的利润总额与按税法计算的应纳税所得额之间也产生了较大的差异。如：企业计提的各项资产减值准备除国家税法规定外，不得在所得税前扣除；企业在期末处理的待处理财产损失，经企业申报，税务机关核准后才可以在税前列支；开办费按税法规定分5年摊销等等。
如何处理这些差异，我国采用了会计与税收相分离的做法，即：在实际工作中，会计与税收法规不一致或不相协调的，应按照会计制度进行核算，纳税时再做调整。这种做法，是符合国际惯例的。
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